Die erste urkundliche Erwähnung des Ortes Schwabsoien datiert aus dem Jahre 1249. Damals hat Volkmar von Kemnat, der das Patronatsrecht (Recht auf Auswahl eines Priesters bei Neubesetzung der Pfarrstelle) besaß, ein Gut in Schwabsoien, das „Riwinesguot“ dem Spital in Kaufbeuren geschenkt.

Im Jahre 1496 hat Ritter Georg von Benzau (Kemnat) das Patronatsrecht über die Pfarrei Schwabsoien dem Bistum Augsburg übertragen. Bischof Friedrich II. verleibte die Kirche dem Kloster Steingaden ein. Die Pfarrei Soien, zum Kapitel Schongau gehörig, zählte im Jahre 1624 373 Seelen. 1673 hat das Kloster Steingaden das Recht auf Patronat und Großzehent an den Bischof von Augsburg abgetreten.

Schwabsoien war vermutlich alter Besitz des Hochstifts Augsburg, das bis 1785 die Niedergerichtsbarkeit durch das Pflegeamt Oberdorf ausgeübt hat. Im Jahre 1668 grassierte eine rätselhafte ansteckende Krankheit im Pfarrdorf Schwabsoien. Im Januar und Februar hat die Hälfte der Einwohner todkrank darniedergelegen. 120 Personen sind an dieser Krankheit gestorben. In ihrer Not gelobte sich die Gemeinde am 19. März 1668 den heiligen Josef zum besonderen Schutzpatron. Aus Anlass dieses Gelübdes wurde die Josephs-Bruderschaft gegründet. Diese wurde vom Bischof von Augsburg, Joh. Christoph, konfirmiert. Papst Clemens IV. hat der Josefs-Bruderschaft durch eine Gnadenbulle vielfältige Ablässe verliehen.

Im Jahre 1769 hat Schwabsoien das hundertjährige Bestehen der Josefs-Bruderschaft gefeiert. Von Papst Klemens V. wurde ein vollkommener Ablass verliehen. Ungeheuer war der Zulauf des Volkes und der Sakramentenempfang, etwa 4000 Personen, darunter 25 Geistliche nahmen daran teil.

Die heutige Pfarrkirche ist bereits die dritte Kirche in Schwabsoien. Während über die erste Pfarrkirche nichts Näheres bekannt ist, weiß man von der zweiten Kirche, dass sie um das Jahr 1600 erbaut wurde. Dieses Gotteshaus ist dem Dorfbrand am 06.09.1823 zum Opfer gefallen. Obwohl die Bewohner von Schwabsoien ihre Wohnungen, Anwesen und Betriebe wieder aufbauen mussten, haben sie bereits im Jahre 1824 mit dem Neubau einer Pfarrkirche begonnen. Am 13. November 1826 wurde das neue Gotteshaus benediziert, bis dahin wurden die Gottesdienste in Schwabbruck gehalten. Am 5. August 1827 hat der Augsburger Bischof Ignaz Albert von Riegg die Pfarrkirche St. Stephan feierlich konsekriert.

Die heutige Ausstattung erhielt die Pfarrkirche St. Stephan bei der Restaurierung in den Jahren 1906 und 1907 unter Pfarrer Johann Link. Um von den Schwabbruckern mehr Respekt zu erhalten, wurde der Turm erhöht. Das damalige Kirchturmkreuz steht heute als Flurkreuz am östlichen Ortsrand.